Транснациональный Институт в Амстердаме был основан бывшим министром иностранных дел Чили Орландо Летельером вскоре после государственного переворота, свергнувшего левое правительство Сальвадора Альенде и вынудившего Летельера бежать в Европу. Позднее Летельер был убит агентами чилийских спецслужб.

Задача института первоначально состояла в том, чтобы наладить связи между политически активными левыми интеллектуалами в Латинской Америке и их единомышленниками в Западной Европе и США. Позднее ТНИ существенно расширил географию своей деятельности, став действительно глобальным центром, координирующим исследования и поиски политических альтернатив. Он сыграл значительную роль в становлении «антиглобалистского» движения на рубеже 1999 и 2000 годов, затем в организации Всемирного социального форума и Европейского социального форума.

При ТНИ существует научное сообщество, члены которого получают традиционное английское звание “fellows”. Среди “fellows” Транснационального института – Уолден Белло, Дот Кит, Сьюзан Джордж, Борис Кагарлицкий, Хилари Уэйнрайт и др.

Институт ведет регулярную издательскую деятельность совместно с издательством Pluto Press в Лондоне.